С MDS 2012 можно работать через Excel и через веб-сервисы:
Здесь можно скачать Master Data Services Add-in for ExcelVisual Studio 2010 Tools for Office Runtime нужно установить перед установкой Add-in for Excel- Описание Master Data Services Add-in for Microsoft Excel на
MSDN Примеры кода для работы через веб-сервисы